多克隆抗體能識別任一抗原上的多個表位，而單克隆抗體僅檢測任一抗原上的一個表位。兩者都是各有優勢，來一起看看單抗和多抗的優缺點：

【單克隆抗體】

優點展示：
 1. 雜交瘤制得后，就成為了恒定的再生源，所有批次都將相同–對確保實驗步驟和結果的一致性和標準化非常有幫助。
 2. 單克隆抗體通常在切片和細胞染色造成的背景較低。因為它們以更強特異性檢測一個靶表位，所以不太可能與其它蛋白質發生交叉反應。
 3. 由于具有特異性，單克隆抗體非常適于用作分析測定中的一抗，或者用于檢測組織中的抗原，并且通常所產生的背景染色顯著低于多克隆抗體。
 4. 與多克隆抗體相比，單克隆抗體的同質性非常高。如果實驗條件保持不變，單克隆抗體的各實驗結果重現性很高。
 5. 單克隆抗體的特異性能使其在混合物中和抗原地結合。
不足之處：
·可產生大量特異性抗體，但是可能特異性過強。
·經過抗原的化學處理后比多克隆抗體更易于丟失表位。這可通過使用同一抗原的兩個或多個單克隆抗體進行補償。

【多克隆抗體】

優點展示：
 1. 克隆抗體可有助于放大低表達水平的靶蛋白信號，因為靶蛋白可在多個表位上結合不止一個抗體分子。但是這會給定量實驗造成不利影響，因為結果將變得不準確。
 2. 由于能識別多個表位，多克隆抗體可在IP/ChIP中得到更好的結果。
 3. 比單克隆抗體更能容許抗原中的微小變化。
 4. 它們會識別出與免疫原蛋白質具有高同源性的蛋白質，或者從非免疫原物種的組織樣品中篩選靶蛋白，例如當未測試物種中的抗原性質未知時，有時會使用多克隆抗體。這也使得檢測免疫原序列以確定是否有任何交叉反應性非常重要。
 5. 多克隆抗體通常是檢測變性蛋白質的。
 6. 多表位通常可提供更為有力的檢測。
 7. 多克隆抗體不適用于探測抗原的特定結構域，因為抗血清通常可識別多個結構域。
不足之處：
·易于產生批次間差異。
·產生大量非特異性抗體，有時可能在某些應用中產生背景信號。
·多表位使得檢測免疫原序列以確定是否有任何交叉反應性非常重要。